La classificazione dei magazzini dipende dalle caratteristiche che possiedono e dalla loro conformazione, che consentono di riconoscere diverse tipologie. Se analizziamo i magazzini dal punto di vista della tipologia di prodotto trattata, ad esempio, avremo delle caratteristiche diverse a seconda che si tratti di prodotti deperibili o a lunga conservazione, piccoli o grandi, più o meno profilati e infiammabili e non. In base al tipo di edificio distinguiamo tra capannoni, silos o depositi, celle frigorifere o ancora magazzini autoportanti, per i quali le scaffalature costituiscono la struttura portante del magazzino.
Riguardo al flusso di merci, il magazzino può ospitare materie prime, componenti, prodotti semilavorati o finiti. Può essere un magazzino collocato nella fase intermedia della supply chain, oppure un hub distributivo per le consegne last mile. Anche la posizione geografica ha la sua rilevanza, ubicando i magazzini vicino o lontano dalle città o in aree strategiche di passaggio. Anche in base al grado di automazione possiamo riconoscere i magazzini più “tradizionali”, dove gran parte del lavoro è svolto a mano dagli operatori, e i magazzini automatici con diversi livelli di automazione.